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Nach verschiedenen Führungsfunktionen in Industrie- und Dienstleistungsunternehmen gründete Heinz Habegger 1995 sein eigenes Beratungsunternehmen mit dem Namen Baleco AG.
Dieses Unternehmen konzentrierte sich auf die ökonomisch-ökologische Unternehmensberatung. Neben Strategieentwicklungen wurden Analysen von Umweltsituationen und -märkten in Asien, Nordafrika und Osteuropa durchgeführt. Im Rahmen von Mandaten war die Baleco AG auch in der Entwicklungszusammenarbeit tätig. Durch ein grosses Projekt in der Bundesverwaltung hatte Heinz Habegger Einblick in rund 30 Bundesämter aller Departemente.
Nach 12 Jahren Selbständigkeit wechselte Heinz Habegger 2007 in die Verwaltung des Kantons Bern. Dort überführte er zu Beginn zwei Verwaltungseinheiten in das neue Amt für Wasser und Abfall (AWA), welches er während 8 Jahren als Amtsvorsteher leitete.
Seit 2014 ist Heinz Habegger Präsident des Verbands Schweizer Abwasser- und Gewässerschutzfachleute und war von 2011 bis 2018 als Mitglied der Beratenden Kommission der Eawag tätig.
2016 zog es Heinz Habegger wieder in die Privatwirtschaft. Er vollzog eine Namensänderung seiner Aktiengesellschaft von Baleco AG in Water Excellence AG und nahm den Betrieb seiner Unternehmung mit zusätzlicher Erfahrung aus der Verwaltung wieder auf.
Heinz Habegger ist Dipl. Maschineningenieur FH, absolvierte ein Zusatzstudium in Betriebswirtschaft und ein Executiv MBA in International Management. Zusätzlich verfügt er über eine Ausbildung als Mediator HSG der Universität St. Gallen.